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量子化学计算(Gausssian)工作站硬件设置

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发表于 2022-6-20 12:07:17 | 显示全部楼层 |阅读模式
量子化学计算怎样选择工作站硬件设置




量子化学计算






由于分子的范例、体系和模拟算法,以及各种应用和精度要求,都有不同的计算特点,对计算机硬件(CPU、内存、硬盘、GPU)设置要求有很大的差异 ,那么怎样选择好服务器/工作站的硬件设置,进步计算速率,紧缩求解时间?紧张看用量子化学计算软件的算法,及做什么求解,由于算法和精度决定了计算特点和求解规模,合理的硬件设置,大大发挥机器性能,紧缩求解时间。
紧张量子化学软件:Gaussian,GAMESS,MOLPRO,NWChem
1.1 量子化学算法、精度与计算成本







1.2 原子体系规模、算法及硬件设置特点







1.3 以Gaussian为例,先看多核并行计算测试
(1)基于Gaussian 09版本







这个测试分别用4核、8核、16核、32核、64核进行求解,从计算结果看,多核并行加速比很抱负
(2)基于Gaussian 16版本多核并行计算测试












这个测试分别对8核、16核、32核、44核进行求解,从计算结果看,多核并行加速比到32核很抱负,44核已经对求解没有多大提升了
数据泉源: http://www.hpc.co.jp/benchmark20150706.html
1.4 量子化学计算硬件设置特点
(1)不同算法的并行计算的核数加速比有所差异,不完满是线性的
(2)最新CPU架构和提升频率,对紧缩求解时间非常显着
(3)精度高求解计算量大,对CPU频率和核数、内存容量、硬盘io要求均有很高要求







数据泉源:http://www.hpc.co.jp/chem/c_select_hardware.html
(4)核数与内存比例为 1:4最为抱负
(5)支持Tesla K40或K80 的GPU计算,显存需12GB以上,但算法有范围性,同时性价比不好
(6)构成集群的计算节点设置最好采用4核~10核超高频,服从最高
(二)基于量子化学计算,UltraLAB完善硬件设置保举
2.1 UltraLAB图形工作站机型介绍
UltraLAB是西安坤隆计算机科技有限公司推出的定制图形工作站品牌,颠末多年发展,该产品拥有傲视群雄的三大领先上风:先辈计算硬件架构、完备齐备行业应用定制方案、专业硬件体系优化技术,大幅超越同类的“图形工作站”产品。以下是基于量子化学计算应用最快硬件架构产品系列:

















硬件设置参考
备注:以上价格仅供参考
2.2 硬件设置参考
上述设置其显着特点
(1)全部采用最新intel硬件架构
(2)提供不用规模的高效完善硬件设置,满足不同算法和精度计算需求
(3)每个设置架构,CPU频率达到极致,提升性能关键指标
(4)充足多核数,并行存储高io,满足高精度计算,平衡无死角
(5)整机全部提供体系优化,大幅提升计算速率
(6)支持GPU计算扩展
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